根据国家税务总局关于开展药品、医疗器械生产经营单位和医疗机构发票使用情况专项整治工作的要求，上海市税务局第四稽查局对某医院2010年、2011年取得的增值税普通发票信息进行了采集和比对，其间发现上海JK医疗器械有限公司（以下简称JK公司）发票联金额与金税系统申报金额存在差异，涉嫌少申报税款，市税务局遂下发督办函。

JK公司为销售外科手术用吻合器等医疗器械的企业，于2007年8月注册登记，自开业至2009年2月28日为增值税小规模纳税人，2008年底之前增值税税率4%，2009年1月~2009年2月底增值税税率3%；2009年3月1日起为增值税一般纳税人，增值税税率17%，企业所得税的征收方式为核定征收，应税所得率4%，税率25%。JK公司于2013年1月30日，经金山区税务局批准注销税务登记，尚未办理注销工商登记手续。JK公司3年内未有因逃税接受过处罚的行为。

根据市税务局要求，上海市税务局第四稽查局检查小组从2013年2月22日起，对JK公司涉嫌开具“阴阳票”等情况实施检查。在向JK公司实际负责人吴某调查取证之初，吴某辩称其本人并不清楚情况，当初的开票员原为公司职员，但现已离职且无法联系；且JK公司的账务是委托财务公司代为处理的，原始账簿均在财务公司保管，目前无法获取。检查人员遂多次与吴某接触，宣传、解释相关税收法律法规，说明其涉税违法行为性质的严重性，劝导其积极配合税务机关检查，早日查明问题，争取将涉税违法后果降到最低。强大的心理攻势最终突破了涉案人员的心理防线，吴某等人交代了JK公司开具增值税普通发票、商业统一发票“阴阳票”以及借用其他公司商业统一发票开票的违法行为，同时主动提供了该公司在2008年期间开具的上海市商业统一发票存根联（共14本）以及详细的发票信息电子表格等资料，为税务机关开展下一步检查工作奠定了基础。据吴某等涉案人员陈述，为缓解资金周转的压力，JK公司在2008年期间开具了上海市商业统一发票的“阴阳票”。2010年4月，JK公司换领了电脑机打增值税普通发票。2010年8月，该公司的资金周转再次出现问题，于是又开始实施开具增值税普通发票“阴阳票”的违法行为，并一直持续至2012年底。

为核实吴某等人提供的上海市商业统一发票存根联信息，进一步比对该公司申报收入与实际收入的差异，检查小组奔赴JK公司注册地主管税务局，调取了该公司自2008年~2012年的财务报表、增值税申报表、企业所得税年度申报表、购买发票的清单以及财务公司已将整套会计资料转交JK公司的证明材料等，为最终确定追缴JK公司税款提供了重要依据。

此后，检查小组再次奔赴与JK公司存在业务往来的某医院进行外围调查取证工作，调查医院采购JK公司医疗器械的业务流程和付款情况，同时采集医院收受JK公司发票的信息。经调查，JK公司业务员送货至医院并制作销量记录表，开出发票后根据发票联金额向医院收取货款，根据记账联金额申报纳税，所开具发票的发票联金额为公司与医院真实业务的金额。货款方面，医院通过转账将货款汇至JK公司在某银行开立的基本账户。经过医院和检查小组的共同努力，共采集梳理出149张JK公司开给某医院的上海市商业统一发票，发票联金额54万余元，而企业申报金额为36万余元; 开出的598张增值税普通发票，发票联金额359万余元，而金税系统申报金额为248万余元。

与此同时，外围调查取证的范围进一步扩大。在取得该公司的原始销售记录资料后，检查人员通过仔细查看发现，JK公司的产品累计销往本市10余家公立医院。经市税务局协调，所涉医院的主管税务机关及辖区对口稽查局全力配合，同时调查采集辖区涉案医院收受JK公司增值税普通发票、上海市商业统一发票的具体信息。经过两个多月的艰苦努力，各单位共采集发票信息3000余份。上海市税务局第四稽查局将采集的信息与金税系统增值税申报数据和企业提供的商业发票存根联信息进行比对，最终获取差额数据，确认了JK公司在2008年~2012年期间，共计少计不含税收入达2800万余元。

JK公司以上开具增值税普通发票、商业统一发票“阴阳票”及借用其他公司商业统一发票开票，少申报、不申报收入的行为， 符合税收征管法第六十三条第一款“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是逃税”的行为特征，已构成逃税。根据相关税法规定，税务机关向JK公司追缴税款、加收滞纳金、处罚款等共计738万余元。